29 de junio de 2020

El INSPI dentro de sus competencias de provisión de servicios de laboratorio especializado en salud, en función de las prioridades establecidas por la Autoridad Sanitaria Nacional (decreto 1290, Art. 8) ha iniciado la validación de la tecnología de secuenciación de genomas de SARS-CoV-2, el virus causante de COVID-19.

La secuenciación de genomas consiste en determinar el orden concreto de los componentes de una molécula de ADN o ARN que contienen la información hereditaria y las propiedades bioquímicas de cada individuo. La obtención de genomas de SARS-CoV-2 es útil para determinar los países o regiones de procedencia del virus, el número de linajes (variantes genéticas) que circulan en una región, la distribución geográfica de cada linaje, y si alguno causa mayor o menor patogenicidad.

En la actualidad, la secuenciación de genomas se obtiene a través de la tecnología genómica. Un campo multidisciplinario asociado al desarrollo de modernas tecnologías denominadas de secuenciación masiva (de nueva generación o de alto rendimiento), y al desarrollo de supercomputadores y la disciplina de bioinformática.

Existen varios métodos de secuenciación masiva, el INSPI está implementando la tecnología de secuenciación de nanoporos, una de las más usadas para la secuenciación de SARS-CoV-2. En este método el ADN o ARN pasa a través de microporos, a medida que los traspasa se genera una señal eléctrica específica de acuerdo a la estructura química de cada uno de sus componentes, la señal eléctrica para cada componente de la molécula se registra secuencialmente en un computador.

El tamaño del genoma del SAR-CoV-2 es de 30.000 nucleótidos. Su secuenciación se realiza en fragmentos de 400 nucleótidos, que deben ser ordenados y ensamblados utilizando un genoma de referencia como plantilla, algo comparable a armar un rompecabezas. Este trabajo se lo hace con herramientas bioinformáticas.

El INSPI ha obtenido dos genomas de SARS-CoV-2 que están siendo ensamblados. Posteriormente serán comparados con otros reportados a nivel mundial.

En esta primera fase de validación se seguirán analizando muestras de Guayaquil por haber sido una de las ciudades del país con el mayor número de casos y decesos por COVID-19. Posteriormente se utilizará la tecnología para secuenciar muestras obtenidas a nivel nacional.

La secuenciación de genomas de SARS-CoV-2 se hace en conjunto entre la Dirección de Investigación, Desarrollo e Innovación y la Dirección de Laboratorio de Vigilancia Epidemiológica y Referencia Nacional (Centro de Referencia Nacional de Influenza y otros Virus Respiratorios).